Arequipa tem um clima temperado e seco, bastante agradável, com temperaturas que não ultrapassam os 25 graus e raramente ficam abaixo dos 10 graus.
Os invernos não costumam ser rigorosos e os verões também não são extremamente quentes, o que forma um ambiente perfeito para turistar sem grandes preocupações. O clima da cidade dificilmente vai arruinar um passeio.
Se pretende fazer excursões nos vulcões ou no Cañón del Colca, ou seja, nos arredores de Arequipa, então é aconselhável se preparar para o frio. Um casaco corta-vento combinado com uma blusa de fleece já é o suficiente para se proteger do vento nas altitudes elevadas das montanhas andinas.
Se você deseja avistar o condor-dos-Andes, a maior ave do mundo, em seu tour pelo Colca, saiba que a melhor época é entre março e junho. Embora a temporada de chuvas na região comece em janeiro e vá até março, não é considerada exagerada. Arequipa é conhecida por ter mais de 300 dias de sol ao ano, então não se preocupe com o mau tempo.
A melhor época para visitar a cidade é durante o inverno, entre os meses de abril a setembro, quando é possível desfrutar de uma temperatura agradável e dias ensolarados.
A alta temporada é entre julho e agosto, sendo que em agosto é comemorado o aniversário de Arequipa, então a cidade está em festa, com feiras, fogos de artifício e música. Um espetáculo completo para o viajante se sentir mais parte da cultura andina.